Covid : dix cas de Deltacron, la recombinaison entre Delta et Omicron repérés en France

Variant Delta, variant Omicron… ou les deux ? Une co-infection par ces deux variants est possible, détaille Santé publique France dans son analyse de risque sur les variants mise à jour le 23 février.  

Qu’est-ce que cela signifie ? Qu’il arrive qu’une même personne soit infectée au même moment par plusieurs variants du covid, comme Delta et Omicron. 

Un variant "hybride" au génome "mosaïque"

Mais ce n’est pas tout : "ces co-infections peuvent donner lieu à des phénomènes de recombinaison", note Santé publique France. En effet, au sein d’une même cellule infectée, les deux variants peuvent échanger du matériel génétique et former un "recombinant", un variant hybride qui correspond à un mélange des deux variants initiaux. 

Ce recombinant possède donc un génome "mosaïque" : "une partie de son génome correspondant au génome de la première souche et une autre partie correspondant au génome de la seconde souche" détaille l’agence sanitaire.

C’est le fameux "deltacron", dont le nom n’est pas encore officiel, mais qui interroge les scientifiques depuis plusieurs semaines déjà. 

Une surveillance par criblage et séquençage

Si le phénomène de recombinaison de virus n’est pas rare, il n’est pas pour autant anodin. En effet, il est "difficile de prédire quelles seront les caractéristiques d’un tel recombinant par rapport aux deux variants parentaux et d’anticiper son impact en santé publique" reconnaît Santé publique France.

C’est pourquoi les recombinants font aujourd’hui l’objet d’une surveillance accrue et d’un suivi renforcé en France. 

Pour cela deux outils sont utilisés. Le criblage tout d’abord, qui cible les mutations propres à chaque variant pour identifier la souche en cause chez les personnes testées positives au covid. Il repère la présence de la mutation L452R, associée uniquement à Delta, et celle d’une mutation D, associée uniquement à Omicron.

Si ces deux mutations sont présentes en même temps, cela signifie que les deux variants sont présents en même temps – il s’agit alors d’une co-infection – ou sous forme recombinée. 

Dans ce cas, un outil plus précis est nécessaire pour trancher entre les deux options : c’est le séquençage, qui cartographie le génome du virus responsable de l’infection. 

Le recombinant circule depuis mi-janvier

Où en est-on aujourd’hui en France ? Au 21 février, 59 co-infections Delta/Omicron probables et 10 séquences pouvant correspondre à un recombinant Delta/Omicron ont été identifiées en France. Ce recombinant a été repéré dans différentes régions grâce aux enquêtes Flash, qui séquencent les variants sur le territoire français.

Sa disparité géographique laisse penser qu’il ne s’agit pas d’un cluster isolé et "que ce recombinant circule potentiellement déjà à des niveaux très bas depuis la mi-janvier" avance Santé publique France. 

Reste à savoir si ce recombinant est plus dangereux ou plus contagieux que ses deux variants "parents". Car pour l’heure, les données récoltées ne permettent pas encore de répondre à cette question.