Covid : quels tests de dépistage utiliser contre les variants ?

Test PCR, dans le nez ou salivaire, test rapide… L’arsenal des outils de dépistage du covid s’est considérablement diversifié ces derniers mois. Mais tous les tests ne se valent pas, surtout face aux différents variants du coronavirus, rappelle l’Académie nationale de médecine. Dans une note qu’elle publie le 11 février, elle émet de nouvelles recommandations pour tester dans les meilleures conditions en prenant en compte "l’impact que les mutations portées par les variants peuvent avoir sur (les performances des tests)".

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Les tests PCR : la référence

Premier constat de l’Académie : les tests RT-PCR (appelés aussi PCR) restent les "tests de référence pour la détection du génome viral". Ces tests "sont pris en charge par l’Assurance Maladie et ne nécessitent pas de prescription médicale", rappelle l’Académie de médecine, qui recommande d'ailleurs de "renforcer leur accessibilité dans l’ensemble du territoire".

Nasopharyngé ou salivaire ?

Deux particularités pour ces tests. Première chose à savoir : ils peuvent être réalisés soit sur un prélèvement nasopharyngé, recueilli dans le nez avec un long écouvillon, soit sur des échantillons salivaire obtenus par crachat ou avec une pipette.

Ce deuxième prélèvement est "plus facile, mieux accepté, avec des performances comparables". La Haute Autorité de Santé le recommande depuis le 11 février pour les dépistages répétés ou les opérations collectives de dépistages. Ils devraient d’ailleurs être mis en place dans les établissements scolaires au retour des vacances de février.
Second point, directement lié aux variants : "de nouveaux kits de RT-PCR de criblage et de PCR multiplex sont en cours de développement pour détecter les nouveaux variants apparus en Grande Bretagne, en Afrique du Sud et au Brésil " révéle l’Académie.

Des RT-LAMP pour les symptomatiques

Qu’en est-il des tests RT-LAMP, comme le test EasyCov, qui s’appuient eux aussi sur des prélèvements nasopharyngés ou salivaires ? Leurs performances sont "inférieures à celles de la RT-PCR" observe l’Académie de médecine.

Ils sont utilisables uniquement chez des personnes symptomatiques et pour l’heure, "aucun résultat n’a été communiqué concernant la capacité à détecter les variants".

Les TRODs pour les dépistages de masse

Il existe aussi des tests rapides, les TRODs, qui sont des tests antigéniques. Ils permettent de détecter le virus dans les prélèvements nasaux et sont réalisés en pharmacie. Ils restent "moins sensibles que les tests RT-PCR", mais présentent un avantage certain : le résultat est disponible "en moins d’une demi-heure ce qui facilite leur utilisation dans les actions de dépistage".

C’est pourquoi les TRODs restent recommandés pour les dépistages de masse dans les collectivités. Mais quand ils sont positifs, il faut ensuite confirmer leurs résultats par RT-PCR. Et ici encore, les scientifiques ne savent pas s’ils détectent correctement les variants.

Les tests sérologiques, après une infection

Les tests sérologiques détectent les anticorps dirigés contre le SARS-CoV-2 et permettent de savoir si la personne testée a déjà été infectée par le virus. Ils sont effectués sur prélèvement sanguin. Les analyses dites par test ELISA présentent de bonnes performances, notamment pour identifier les anticorps dirigés potentiellement contre des variants, selon l’Académie.

Les autotests, trop peu fiables

Enfin, les autotests, réalisés sur auto-prélèvement soit salivaire soit sanguin par une piqûre au bout du doigt ont été développés pour rechercher les anticorps. L’Académie de médecine ne les recommande pas, "en raison de leur fiabilité médiocre" mais aussi parce que leurs résultats, puisqu’ils sont directement lus et interprétés par le patient, ne sont pas enregistrés dans la base SI-DEP pourtant essentielle au suivi de l’épidémie.